대한불교조계종 직할교구 본사인 조계사의 말사이다. 1109년(고려 예종 4) 묵암(默庵) 탄연(坦然)이 창건하였다. 탄연은 고려 때 신품사현(神品四賢) 중 한 명으로 알려진 서예가(書藝家)로, 이곳의 암굴에서 수도하던 중 문수보살을 목격하고 문수암(文殊庵)이라는 암자를 지었다고 한다. 이후 양양 오대산 상원사(上院寺), 고성(固城) 문수사와 함께 우리 나라 문수보살 3대 성지로 널리 알려졌다. 1451년(조선 문종 1) 연창공주(延昌公主)가 중창한 뒤 여러 차례 중수하였으나 1950년 6.25전쟁 때 불에 탄 것을 1957년 신수(信洙)가 중건하여 오늘에 이른다.
특히 오백나한을 모시고 있어 나한도량으로도 널리 알려져 있다. 초대 대통령 이승만(李承晩: 1875∼1965)의 어머니가 이 절에서 나한에게 백일기도를 한 뒤 이승만을 낳았다고 한다. 이러한 인연으로 1960년경 이승만이 이곳에 들러 참배하였고, 이 때 이승만이 쓴 문수암이라는 현판이 요사에 걸려 있다.
현존하는 건물로는 대웅전과 나한전·산신각·요사채 등이 있다. 대웅전의 문수보살상은 고종의 비 명성황후(明成皇后: 1851∼1895)가 모신 것이고, 석가모니불은 영친왕 이은(李垠)의 비인 이방자(李方子: 1901∼1989)가 모신 것이다. 대남문 옆 남장대 벼랑 밑 문수봉(文殊峰)에 있어 북한산에서는 전망이 뛰어난 사찰이다. 이런 까닭에 늘 많은 등산객이 찾아온다. 사찰에서는 매주 일요일 등산객을 위해 불교교리 일요법회를 열고 있다.